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Lo sprofondamento delle zone assiali dei Graben ha portato le aree occidentali ad essere invase dal mare, mentre in quelle orientali più interne i fiumi, incontrando difficoltà di deflusso, hanno creato dei laghi.
Per circa sette milioni di anni, dunque almeno dal Pliocene fino ad oggi, la costa toscana è stata prevalentemente zona umida, ricca di acque, sia dolci che salate o salmastre.
Da allora la costa è spesso avanzata a spese del mare a causa dei sedimenti portati dai fiumi; altre volte è stato il mare ad avere la meglio quando le fosse subivano nuovi sprofondamenti o il livello dei mari saliva nei momenti caldi con lo sciogliersi delle calotte polari.
Successivamente nei laghi i continui apporti di sedimenti da parte dei fiumi hanno provocato il progressivo interrimento dei bacini così come hanno contribuito fortemente alla loro scomparsa i resti della vegetazione lacustre che anno dopo anno si accumulano e lentamente si trasformano in torba.
Anche le zone lagunari sono state soggette a processi di interramento a causa delle sabbie e delle argille che i fiumi portano al mare e abbandonano quando la corrente si estingue sulla foce.
Tuttavia, nonostante i naturali processi di interrimento, è solo in epoca storica, ad opera dell’uomo, che le aree umide hanno subito una drastica riduzione a causa dei moderni metodi di bonifica.
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